毛细管电泳又称高效毛细管电泳，是一类以毛细管为分离通道、以高压直流电场为驱动力的新型液相分离技术。毛细管电泳实际上包含电泳、色谱及其交叉内容，它使分析化学得以从微升水平进入纳升水平，并使单细胞分析，乃至单分子分析成为可能。长期困扰我们的生物大分子如蛋白质的分离分析也因此有了新的转机。
毛细管电泳通常使用内径为25-100μm的弹性（聚酰亚胺）涂层熔融石英管。标准毛细管的外径为375μm，有些管的外径为160μm。毛细管的特点是：容积小（一根100cm×75μm管子的容积仅4.4μL）；侧面/截面积比大，因而散热快、可承受高电场（100-1000V/cm）；可使用自由溶液、凝胶等为支持介质；在溶液介质下能产生平面形状的电渗流。
由此，可使毛细管电泳具备如下优点：
1、高效塔板数目在105-106片/m间，当采用CGE时毛细管电泳色谱图，塔板数目可达107片/m以上；
2、快速一般在十几分钟内完成分离；
3、微量进样所需的样品体积为nL级；
4、多模式可根据需要选用不同的分离模式且仅需一台仪器；
5、经济实验消耗不过几毫升缓冲溶液，维持费用很低；
6、自动CE是自动化程度较高的分离方法。
